Simyanın aşırı kullanımı sonucunda dünya âdeta bir cehenneme döner. En değerli simya hazinesi Felsefe Taşı’nı ele geçirmeye çabalayan düşmanları, kahramanlarımızdan çok daha zalim ve acımasızdırlar.

Al ve Ed, albayları Colonel Mustang’e rapor vermek üzere doğu cephesi karargâhına geri dönerler. Mustang, bu iki kardeşi biyo kimyayla yakından ilgilenen ve farklı genetiklere sahip organizmaları birleştirerek kaymeraları yaratan Shou Tucker ile bir araya getirir. Al ve Ed Tucker’ın onları yeniden eski bedenleriyle kavuşturacağına inanırlar. Diğer yandan intikam peşindeki “Scar” devlet simyacılarının peşindedir ve yakaladığı simyacıları dehşet verici bir biçimde öldürmektedir. Bu adam dokunduğu anda simyacıları âdeta paramparça etmektedir ve Scar, şimdi Ed’in de peşindedir…