Mai 1943. Lorsque le réseau de résistance de Lorient est infiltré par la Gestapo, plus de la moitié de ses membres sont emprisonnés, torturés, puis éliminés par les Allemands. Parmi les prisonniers se trouve Édith, membre de CHERUB, qui est libérée in extremis grâce à Rosie, qui vient d'être parachutée dans le secteur. Les deux jeunes filles réussissent à échapper aux soldats à leurs trousses et sont soignées par le Dr Blanc, une collaboratrice qui leur confie le carnet de notes du chercheur Maurice Jaulin. Carnet ayant été dérobé dans un laboratoire secret où des scientifiques français sont chargés de développer des armes secrètes (dont un missile téléguidé à très longue portée) sous la contrainte des Allemands. Après avoir suivi une formation intensive de tir d'élite sous la tutelle d'un sergent de l'armée américaine, Marc et trois autres jeunes agents de CHÉRUB se voient confier la mission de mener un assaut furtif contre le bunker nazi, éliminer les soldats ennemis et de libérer les chercheurs retenus en otage.